از زمان تکمیل توالی های ژنومی ارگانیسم های متعدد ، تجزیه و تحلیل پروتئوم توجهات را به تعیین کارکرد و شبکۀ کارکردی پروتئین ها معطوف کرده است.این تجزیه و تحلیل با جدا سازی و شناسایی پروتئین ها، تعیین کارکرد و نقش آنها و شبکۀ کارکردی و ساخت یک پایگاه داده ای مناسب حاصل می شود. پیشرفت های بسیاری در زمینۀ جداسازی و شناسایی پروتئین ها مانند الکتروفروز دو بعدی ،کروماتوگرافی نانو مایع و طیف سنجی جرمی به سرعت حاصل شده اند. برخی تکنولوژی های جدید مانند طیف سنجی جرمی بالا- پایین  و خاص سازی میل ترکیبی پشت سر هم  بوجود آمده است. این روش ها امکان تجزیه و تحلیل توان عملیاتی زیاد کارکرد و شبکۀ کارکردی پروتئین ها در گیاهان را فراهم می کند. اما برای رسیدگی به اطلاعات زیاد حاصل از این تجزیه و تحلیل های پروتئوم ، روش ها و نرم افزارهای پیچیده تری لازم است. پیشرفت و انطباق این تکنیک ها ، تجزیه و تحلیل برش عمودی پروتئین ، شناسایی تغییرات بعد از ترجمه و فعل و انفعال پروتئین پروتئین را آسان می کند که برای روشن سازی وظایف پروتئین حیاتی است. 

کلیدواژه: پروتئوم،طیف سنجی جرمی، برش عمودی پروتئین ، تغییرات بعد از ترجمه، و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین، گیاه